Les Légendes assistent, impuissantes, aux dégâts qu’a causé l’idée de Sara pour sauver Amaya et réparer l’Histoire. Rip arrive sur ces entrefaites et leur annonce que ses Agents et lui-même vont réparer l’Histoire et le Temps en corrigeant les anachronismes crées par son ancienne équipe. Il en profite également pour leur annoncer qu’au cours des cinq dernières années écoulées pour lui (il ne s’est écoulé pour ses amis que 15 minutes), il a créé le Time Bureau qui a pour vocation de remplacer les Maîtres du Temps en veillant à ce que l’Histoire suive son cours normal et que les différents espace-temps existant ne se mélangent pas entre eux. Enfin il défait les Légendes et leur ordonne de reprendre une vie normale sur Terre.
Six mois plus tard, nous découvrons la vie menée par les ex-Légendes. Sara travaille comme vendeuse dans un magasin de Star City, Ray a rejoint la Silicon Valley et participe à la création d’une nouvelle application de rencontres par internet et Nate a rallié Central City pour prêter main-forte à Kid Flash dans la protection de la ville. Nous découvrons aussi que Nate et Amaya ne sont plus ensemble.
De son côté Mick prend du repos à Aruba quand il voit débarquer, tout droit sorti du passé, Jules César. Après avoir fait ce dernier prisonnier, il contacte Sara qui lui conseille de veiller sur lui pour éviter de créer des ennuis avec le Time Bureau.
Nate et Ray, contactés par cette dernière après que cette dernière ait démissionné de son emploi, se retrouvent autour d’un café et décident de se rendre au Time Bureau afin de le prévenir de la découverte faite par Rory.
Les trois amis s’infiltrent en douce dans les bâtiments du Time Bureau, grâce à un badge volé quelques temps plus tôt par Sara à un des Agents avec qui elle a une relation, et se font arrêter. Rip arrive alors et se voit menacé par Nate qui le tient pour responsable du retour d’Amaya en 1942 dans son pays d’origine : la Zambesi.
Les Légendes avertissent alors Rip et ses Agents de la présence de Jules César à Aruba mais, au départ, ceux-ci refusent de les croire car leurs détecteurs d’anachronismes n’ont rien repéré d’anormal. Ava Sharpe, le bras droit de Rip au Time Bureau, finit cependant par confirmer les dires des Légendes et Rip déclare que seuls des professionnels sont en mesure de gérer la situation.
Dans le même temps Jules César parvient à échapper à Rory. Alors que ce dernier le course, il prend un homme déguisé en César pour l’original et fait une mauvaise rencontre avec les Agents du Time Bureau envoyés sur place. Rory et son prisonnier sont alors conduits au QG du Time Bureau où la mémoire du jeune homme est effacée.
Après cette cuisante tentative de retour en force des Légendes, celles-ci sont congédiées avec interdiction formelle de se mêler des affaires du Time Bureau et avec pour ordre de reprendre le cours normal de leurs existences. Cependant les quatre amis ne l’entendent pas de cette oreille et décident de voler le Waverider, devenu un terrain d’entraînement pour les recrues du Time Bureau, pour réparer l’anachronisme. Néanmoins le vaisseau ayant besoin de réparations, ils décident de reconstituer la totalité de l’équipe et partent donc récupérer Martin Stein et Jax. Il s’avère un peu ardu de convaincre le vieil homme de rejoindre l’équipe car sa nouvelle vie sans dangers et dans laquelle il s’apprête à être grand-père lui plaît. Néanmoins ses amis parviennent à le convaincre et la fine équipe s’envole pour réparer ses torts.
De retour à Aruba, l’équipe retrouve Jules César qui est rapidement maîtrisé par Sara et le ramènent à bord du Waverider. Une fois à bord, un hologramme de Rip apparaît et demande aux Légendes de livrer Jules César au Time Bureau afin que celui-ci s’occupe de sa réinsertion dans l’Histoire. Divisée et hésitante quant à la question d’obéir ou non à la demande de Rip, Sara finit par trancher et décréter qu’il est temps que l’équipe retrouve son statut de Légendes.
L'an 49 av. J-C, la Gaule Cisalpine : L’équipe du Waverider dépose Jules César dans son temps d’origine mais elle se rend très vite compte, grâce aux connaissances de Gideon, que le Temps a changé. En effet, à la surprise générale, Jules César est parvenu à conquérir la totalité du monde connu ! En se rendant compte de leur bévue, provoquée par le vol du livre sur l’Histoire romaine que possédait Nate par le conquérant, les Légendes décident d’intervenir à nouveau avant que le Time Bureau ne s’en mêle. Cependant des Agents du Time Bureau, menés par Rip et Ava, débarquent et prennent le commandement du Waverider dans l’optique remettre les choses en place. Leur plan est simple : tenir les Légendes loin du sauvetage de l’Histoire, récupérer le livre volé et « flasher » la mémoire de tous les témoins de l’époque antique afin qu’ils ne se souviennent de rien.
Or le plan de sauvetage de l’Histoire et du Temps tourne court quand les Agents chargés de reprendre le livre sont remarqués par les Romains et qu’Ava est faite prisonnière. Les Légendes, avec l’accord de Rip, prennent alors le contrôle de la situation. Une équipe, composée de Sara, Mick et Firestorm, part au secours d’Ava pendant que celle formée par Nate et Ray part subtiliser le livre. Les deux équipes atteignent leur but et tout rentre dans l’ordre. Les Légendes obtiennent même la permission du Time Bureau de rester les possesseurs de Gideon et de voyager à nouveau dans le temps.
Rip et Ava discutent à propos d’un dénommé Mallus qui effraie Rip.
1942 au Zambèze : Amaya fait face à des forces ennemies avec son pouvoir de manière impressionnante.